Coronavirus SARS-CoV-2 : prélèvements oropharyngés et poolage-Avis du HCSP

Alors que la stratégie de dépistage massive est de plus en plus remise en cause, le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) publie ce 11 septembre un avis daté du 11 août, sur les tests oro-pharyngés et le poolage. Un document qui invite à la prudence à l’égard de ces techniques présentées comme des alternatives aux tests diagnostiques par RT-PCR.

Auto-prélèvements salivaires et oro-pharyngés postérieurs : pourquoi pas

Le HCSP rappelle que la détection de l’ARN du SARS-CoV-2 par technique moléculaire de RT-PCR reste aujourd’hui « la seule méthode performante pour le diagnostic de la phase active de l’infection, particulièrement au moment de la phase précoce pré-symptomatique et chez les personnes asymptomatiques ». Le HCSP recommande donc en priorité les prélèvements naso-pharyngés, tout en rappelant la nécessité de former les opérateurs au geste technique et de leur fournir des équipements de protection individuelle (EPI) adéquats.

Dans une visée de dépistage (plus que de diagnostic), le HCSP distingue plusieurs types de prélèvements oro-pharyngés : salive, crachats et crachats induits, et prélèvement oro-pharyngé postérieur (recueil de sécrétions pharyngées par voie buccale, possiblement en auto-prélèvement).

S’il rejette le prélèvement par crachats (insuffisamment standardisé) et crachats induits (trop contraignant), le HCSP considère en revanche que les (auto)tests salivaires pourraient être intéressants pour le dépistage rapide des sujets en cours d’infection active (comme le suggérait déjà l’Académie de médecine en juillet). La cinétique de détection du génome viral par prélèvements salivaires et nasopharyngés serait en effet très proche au cours des deux semaines qui suivent l’apparition des symptômes, selon une étude récente portant sur un nombre limité de sujets (76 dont seulement 10 infectés par SARS-CoV-2), lit-on.

Quant au prélèvement oro-pharyngé postérieur, le HCSP considère qu’il représente une « alternative qui mérite d’être évaluée plus en détail », dans le cadre d’un auto-prélèvement (ce type de prélèvement peut aussi être réalisé par un tiers, mais il perd alors tout bénéfice en termes de praticabilité). « Différentes études rapportent une sensibilité diagnostique acceptable à la phase aiguë de l’infection, bien que plusieurs d’entre elles souffrent de biais méthodologiques », résume le HCSP.

Et d’appeler à la mise en place d’études comparatives portant sur les prélèvements salivaires ou les prélèvements oro-pharyngés postérieurs sous l’égide du Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires.

Enfin, c’est encore au CNR que le HCSP s’en remet pour évaluer les alternatives à la RT-PCR, « déconseillant toute initiative non concertée visant à l’introduction de techniques insuffisamment évaluées au seul prétexte de raccourcir le délai de rendu des résultats ». Il s’agit par exemple du test salivaire EasyCov (basé sur la technique de l’amplification isotherme de type LAMP) ou encore des tests de diagnostic rapide (TDR) détectant, dans un prélèvement naso-pharyngé, des antigènes de SARS-CoV-2. Ces derniers, appelés également tests rapides antigéniques, font l’objet d’une évaluation en conditions réelles lancée cette semaine par l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris mais aussi à Lyon.

Non au poolage

En mai dernier, le HCSP déconseillait de recourir à la technique du poolage (ou groupage d’échantillons), qui certes permet une économie du nombre de tests à réaliser, mais présente, selon l’instance, de nombreuses incertitudes en termes d’organisation, de délai de rendu du résultat, ou encore de perte de sensibilité pour les échantillons faiblement positifs.

Si les appels au poolage se multiplient, le HCSP persiste et signe dans son nouvel avis. Malgré de nouvelles études, son expérimentation à Wuhan, ou encore la réalisation d’un guide provisoire par les CDCs américains pour le mettre en œuvre, « les réserves du HCSP n’ont pas été levées (…). Alors que l’incidence de l’infection SARS-CoV-2 est à nouveau en augmentation en France, le risque serait de sous-estimer cette incidence par défaut de sensibilité diagnostique de la technique moléculaire par pool d’échantillons », écrivent les experts.

Ils réitèrent en revanche leur invitation à évaluer la technique de séquençage à haut débit permettant de tester un très grand nombre d’échantillons.

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